Chronologie

1942 : Johan Schmidt, chef d'H.Y.D.R.A., s'empare du Tesseract pour en faire une arme qui changera le déroulement de la guerre. Il est assisté par le Dr. Arnim Zola.

1943 : Steve Rogers est recruté par la S.S.R. (Strategic Scientific Reserv) pour participer au projet « super soldat ». Ce projet est supervisé par le Dr. Abraham Erskine, Howard Stark et l'agent Peggy Carter. Ainsi, Steve Rogers devient, après avoir reçu le sérum, Captain America et tente de déjouer les plans de Red Skull. Cependant, une fois Red Skull éliminer, il se crashe avec la Valkyrie dans l'Arctique pour éviter que le vaisseau n'explose sur le continent.

1944 : Howard Stark retrouve le Tesseract mais pas la trace du capitaine Rogers. Pendant ce temps, Zola retrouve Bucky, laissé pour mort, et lui lave le cerveau. Par la suite, Bucky devient un agent de l’H.Y.D.R.A. sous le nom du Soldat de l’hiver.

1945 : Howard Star fonde le S.H.I.E.L.D. (Strategic Homeland Intervention Enforcement Logistics Division) pour remplacer le S.S.R. mais comme le gouvernement américain n'est pas convaincu, il abandonne le projet.

Le gouvernement américain crée en secret le S.H.I.E.L.D., projet avorté de Stark sorti des tiroirs, pour en faire une organisation secrète d'espionnage. La direction est confiée à un certain Alexander Pierce.

Le jeune Charles Xavier rencontre Raven Darkhölme et commence à s'intéresser aux autres mutants.

Charles Xavier rencontre Erik Lehnsherr. Ensemble, ils fondent les X-Men et construisent le Cerebro. Mais suite à une divergence d'opinions avec son ami, Erik fonde la Confrérie des Mutants avec Mystique.

Nicholas Fury intègre le S.H.I.E.L.D. et devient rapidement le second du directeur Pierce.

Le colonel Stryker mène le projet Arme X. Un mutant du nom de Logan se voit injecter de l'adamantium dans le corps.

Pierce laisse la place de directeur à Fury. Néanmoins, il reste un agent de niveau 10 mais ne mène plus les missions de l'organisation.

16 décembre 1991 : Howard et Maria Stark sont assassinés. Leur mort est maquillée en accident.

Le Dr. Bruce Banner lance le premier essai de la bombe-G. Un civil attire son attention et il tente de le faire dégager du terrain. Bruce se retrouve alors exposer aux rayons gamma. Le Hulk est né.

Un scientifique du nom d'Henry Pym rétrécit accidentellement sa taille ainsi que celle de sa femme, Janet van Dyne, au cours d'une expérience. Bloqués dans une fourmilière, ils réussiront tout de même à se sortir de là au bout d'une semaine. Ils deviennent par la suite Ant-Man et la Guêpe mais ils gardent secrète la formule leur permettant de changer de taille.

Tony Stark est enlevé en Afghanistan. Cette mauvaise aventure va considérablement le changer et il va revoir tous ses plans pour son entreprise : Stark Industries. Il devient alors Iron Man. Il nomme son assistante Virginia Potts, PDG de Stark Industries, lui permettant de se consacrer à sa nouvelle activité.

Hulk sauve New-York de l'Abomination, résultat d'une mauvaise expérience de reproduction du sérum de super soldat supervisé par Ross. Ce-dernier se procure illégalement du sang de Banner.

Thor, prince d'Asgard, est exilé sur Terre par Odin, père de Toute Chose. Il y rencontre Jane Foster, une scientifique. De son côté, Loki tente de s'emparer du trône avec l'aide des géants de glace mais est stoppé par Thor et disparaît.

Steve Rogers est retrouvé en Arctique par le S.H.I.E.L.D. et tente de s’acclimater à ce nouveau monde, ce nouveau New-York. Il y revoit son amie de l'époque, Peggy Carter, âgé de 80 ans et malade.

Loki arrive sur Terre avec une armée de Chitauris. Ils envahissent New-York alors que Loki s'empare du Tesseract, détenu par le S.H.I.E.L.D. Lancée secrètement en 2009, l'initiative Avengers est mis en place par Iron Man et Ant-Man. Ils se voient rejoints par la Guêpe, Thor, Hulk et Captain America. Ensemble, ils repoussent les Chitauris et arrêtent Loki. Celui-ci est ramené sur Asgard pour être soumis à la justice d'Odin. Thor reste sur Terre pour la protéger.

Pour préserver une sorte de paix et dans l'optique de dissoudre les Avengers, Stark et Pym entreprennent un projet secret nommé Ultron, une intelligence artificielle garante de la paix dans le monde.

Wolfgang von Strucker est nommé leader d'H.Y.D.R.A.

Des héros apparaissent de plus en plus à New-York. À Hell's Kitchen, les Defenders (Daredevil, Jessica Jones, Luke Cage et Iron Fist) se forment et protègent la population. Dans le Queens, un jeune lycéen mordu par une araignée génétiquement modifiée devient Spider-Man. Dans le quartier de Greenwich Village, un ex-neurochirurgien a eu un grave accident et est parti au Népal découvrir les arts mystiques auprès de l'Ancien.

Ophelia Sarkissian mène le projet LMD et tente de faire des copies androïdes de divers agents du S.H.I.E.L.D. dans le but futur d’infiltrer celui-ci.

H.Y.D.R.A. complote pour faire revenir leur ancien chef : Red Skull. Pour cela, il mette au point un plan pour enlever Captain America.